有机肥作为基肥 ，可铺在苗床上 ，局部改良土壤;也可将有机肥撒到地表 ，在播种前随着翻地将肥料全面施入土壤表层 ，然后耕入土中。施用原则如下：
第一 ，条施、穴施、集中施用 ，特别是生物有机肥和功能性有机肥。从肥效上看 ，集中施用对发挥磷素养分的肥料最为有效。如果直接把磷素养分施入土壤 ，有机肥料中速效态磷成分易被土壤固定 ，因而肥效降低。沟施、穴施的关键是把养分施在根系能够伸展的范围内。最理想的施肥方法是 ，肥料不要接触种子或作物的根 ，距离根系有一定距离 ，作物生长到一定程度后才能吸收利用。
第二 ，液体有机肥 ，含有大量速效养分 ，随灌溉施用 ，作追肥。有些腐熟好的有机肥料也可作追肥施用。作追肥应注意以下三点：其一 ，有机肥中大量缓效养分释放需要一个过程 ，所以有机肥料做追肥时 ，应比化肥追肥提前几天。其二 ，有机肥料养分含量低 ，当有机肥料中缺乏某些成分时 ，可施用适当的单一化肥加以补充。其三 ，制定合理的基肥、追肥分配比例 ，高温栽培作物最好减少基肥施用量 ，增加追肥施用量。
第三 ，有机肥的养分供应原则是 ，要满足有机肥提供的氮素与化肥提供的氮素比例=1∶1的要求。
第四 ，不同质地土壤中有机肥料养分释放转化性能和土壤保肥性能不同 ，应采用不同的施肥方案。砂土应增施有机肥料 ，提高土壤有机质含量 ，可改善土壤的理化性状 ，增强保肥保水性能。但对于养分含量高的优质有机肥料 ，一次使用量不能太多 ，使用过量容易烧苗 ，转化的速效养分容易流失 ，养分含量高的优质有机肥料可分底肥和追肥多次使用。粘土地施用的有机肥料必须充分腐熟 ，粘土养分供应慢 ，有机肥料应早施 ，可接近作物根部。
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